یکی از مشکلات اساسی در کاربرد و کشت نمونه های سلولی، خطر آلودگی آنها توسط مایکوپلاسما می باشد مایکوپلاسماها از اهمیت ویژه ای برخوردارند و آثار فراوانی بر روی عملکرد و خصوصیات سلولی نظیر میزان رشد و تکثیر، قطعه قطعه شدن DNA، تغییرات کروموزومی، تغییر متابولیسم، تغییر پاسخ های ایمنی، تغییر فعالیت ویروس ها در سلول های یوکاریوتی، تغییر غشاء سلولی، تغییر الگوی آنزیمی و ... دارند. چنین تغییراتی نتایج آزمایش ها را غیر قابل اطمینان و سلول ها را برای هرکاربردی غیر قابل استفاده می نماید. با روش Multiplex Pcr تشخیص همزمان چندین توالی هدف با چند جفت پرایمر متفاوت میتوان نوع آلودگی را مشخص نمود.