سیستم های الکتروفورز افقی و عمودی، سیستم هایی هستند که برای اجرای ژل های آگارز یا پلی آکریل آمید و تمایز دادن نمونه های نوکلئوتیدی از هم طراحی شده اند. نمونه ها در این دستگاه در یک میدان الکتریکی قرار گرفته و بسته به شارژ ذاتی خود به آند یا کاتد مهاجرت می کنند. از این سیستم ها میتوان برای جداسازی PCR و پروتئین ها برای برنامه های غربالگری سریع مانند اندازه گیری نمونه ها و تشخیص نمونه های PCR شده استفاده کرد.